- Ban giám đốc - Các phòng ban tham mưu giúp việc: + Phòng Tổ chức - Hành chính. + Phòng Kế hoạch tài chính. + Phòng Khoa học và hợp tác quốc tế. + Phòng Bảo tồn biển và đất ngập nước. - Các đơn vị trực thuộc vườn: + Hạt kiểm lâm + Trung tâm giáo dục