-          Ban giám đốc

-          Các phòng ban tham mưu giúp việc:

+ Phòng Tổ chức - Hành chính.

+ Phòng Kế hoạch tài chính.

+ Phòng Khoa học và hợp tác quốc tế.

+ Phòng Bảo tồn biển và đất ngập nước.

-          Các đơn vị trực thuộc vườn:

+ Hạt kiểm lâm

+ Trung tâm giáo dục môi trường và dịch vụ môi trường rừng.